Lo que en la actualidad erige el cantón Zapotillo fue habitado por la cultura Zapallal, que provienen de la fusión de las culturas Valdivia y Chorrera. Se establecieron a las orillas del Río Tucarami en la actualidad llamado Rio Catamayo – Chira. Fueron habilites alfareros sus vestigios pueden ser observados en los cementerios indígenas de Sahinos, Garzareal y la cabecera cantonal de Zapotillo.

Durante la conquista española, en su paso hacia el Reino de Quito desde el sur, Sebastián de Benalcázar funda una villa en este valle con el nombre de Zapotillo el 20 de enero de 1534

Inicios del pueblo de El Zapotillo en el año de 1801

En un viejo documento del año 1801, que encontré en el Archivo de la Diócesis de Cuenca, se leen los informes del padre de Celica Fray Juan Arciniega y Vivanco y del Teniente del mismo pueblo de Celica Don José Manuel de los Ríos, para crear una doctrina con cura permanente, ya que el cura de Celica tenía que caminar hasta 16 leguas en 1801, para ir hasta lugares tan distantes como las entonces haciendas de BolasPamba, Cazaderos, Mangahurco, Zapallal, etc.

En este informe para crear una doctrina con cura permanente en este sector de El Zapotillo (como ellos así le llaman), se agrega una lista de algunos habitantes de estos sectores como Castillo, Garsia (así está escrito), Ramires (así está escrito), Moncada, Duarte, Fructuoso, De la Bega (así está escrito), Barro, Robles, Chilo, Rosillo, Reyes, De la Cruz, Sapata (así está escrito), Reto, Alburquerque, More, Bonilla, Tinoco, Portocarrero, Alvarado, Agurto, Bautista, Arredondo, Carrión, Clabijo, Camacho, Rojas, Padilla y Pérez; en total estos vecinos ofrecen (con firma de compromiso de por medio) un total de 27 cabezas de ganado y 340 cabras, para formar la cofradía y sostener al sacerdote que tenía que vivir en el sitio de EL Zapotillo, junto a la capilla que había para ese entonces y que seguramente era de bahareque con techo de paja.

En el año 1801, era Vicario y Juez Eclesiástico, de la ciudad de Loxa el Dr. Francisco Xavier Eguiguren, . A este informe se le agregan los límites de la nueva parroquia eclesiástica que se iba a crear y que existía una población aproximada de 500 habitantes. Como límites de la nueva doctrina se incluyen el río Lalamor y Catamayo (Tomado del libro, Monografía del cantón Zapotillo, (obra inédita) del Dr. Jorge Enrique García Alberca)

En la conformación de la gran Colombia, la Provincia de Loja perteneciente al Departamento de Azuay, estaba dividida en cinco cantones (Loja, Paltas, Calvas, Zaruma y Jambeli), Zapotillo pertenecía al cantón Paltas con las parroquias Alamor, Celica, Guachanamá, Cangonamá y Catacocha, siendo esta última la cabecera cantonal.

Luego de elevarse a Celica a la categoría de cantón el 12 de diciembre de 1878, Zapotillo paso a formar parte de este nuevo cantón como parroquia.

El Presidente Guillermo Rodríguez Lara en uno de sus viajes de reconocimiento territorial el 14 de abril de 1974 visita Zapotillo, marcándose hitos importantes en la vida de lo zapotillanos, como la construcción de la carretera Celica – Zapotillo, una sucursal del Banco Nacional de Fomento, y la creación de Colegio Nacional Zapotillo.

El 19 de agosto de 1980, Presidente de la República Jaime Roldós Aguilera aprueba la Ley que crea el Cantón Zapotillo, y se pública en el Registro Oficial No- 261 el día miércoles 27 de agosto de 1980, conformado por la cabecera cantonal Zapotillo y las parroquias Paletillas y Cazaderos.